Yozgat Bozok Üniversitesi, 2006-2007 akademik yılında 4 fakülte, 1 yüksekokul, 2 meslek yüksekokulu ve 2 enstitü ile eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. 2021-2022 eğitim-öğretim yılına kadar, bu sayı 14 fakülte, 4 yüksekokul, 8 meslek yüksekokulu, 2 enstitü, 1 araştırma ve uygulama hastanesi, 15 uygulama ve araştırma merkezi, 1 teknopark, 1 teknoloji-transfer ofisi ve rektörlüğe bağlı 4 bölüm olarak çıkmıştır.

Üniversite, 2006 yılından bu yana insan kaynaklarını sürekli olarak geliştirmeyi hedefleyen bir anlayışa sahiptir. Bu doğrultuda, öğretim elemanlarının yükseköğretim kurumlarından doktora derecesi veya yüksek lisans derecesine sahip olmalarını zorunlu kılmıştir. Öğretim elemanlarının yüksek lisans ve doktora derecesi olmayanlarının da, üniversitemizin yeni kuruluş süreci içinde kendi  yükseköğretim kurumlarından yüksek lisans ve doktora derecesi almaları için çalışmalarını desteklemektedir. Ayrıca, üniversite öğrencilerinin de yükseköğretim kurumlarına hazırlanmalarını sağlamayı amaçlamaktadır. Bu doğrultuda, üniversite tarafından yükseköğretim kurumlarının kendi alanlarında yüksek lisans ve doktora programlarına yönlendirilmelerine yardımcı olunmaktadır.

Yozgat Bozok Üniversitesi, kuruluşundan bu yana eğitim ve öğretim faaliyetlerine ağırlıklı olarak Yozgat il merkezi ve çevresinde yoğunlaşmıştır. Merkez Yerleşkesine ek olarak Yozgat merkezinde Rektörlük Protokol Binası, Diş Hekimliği binası, Esentepe Mevkii’nde yer alan yerleşkeleri de bulunmaktadır. Ayrıca, merkez dışında da Sorgun, Akdağmadeni, Yerköy, Boğazlıyan, Şefaatli, Çekerek ve Sarıkaya ilçelerindeki yerleşkeleri ile birlikte 7632 dekarlık bir alanda eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetlerini sürdürmektedir.